Desde 2011, Junior no supera la fase de grupos de la Copa Libertadores. La última vez que lo consiguió fue bajo el mando de Óscar Héctor Quintabani, tras quedar primero del grupo que compartió con Gremio de Porto Alegre, León de Huánuco y Oriente Petrolero.

En esa edición del torneo, Junior ganó sus cuatro primeros partidos, todos por el mismo marcador: 2-1. Derrotó a León de Huánuco, de visitante, con goles de Jhon Viáfara y Carlos Bacca; Gremio, en Barranquilla, con tantos de Viáfara y Giovanni Hernández; a Oriente Petrolero, en Santa Cruz de la Sierra, con goles de Víctor Cortés y Luis Páez, y nuevamente al equipo boliviano, en Barranquilla, con doblete de Bacca.

Después fue a Porto Alegre y cayó 2-0 con Gremio y cerró con empate 1-1, en Barranquilla, con León de Huánuco, gol marcado por Jossymar Gómez.

En los octavos de final, Junior tuvo como rival a Jaguares de Chiapas (México), con el que igualó 1-1 en la ida, con gol de Luis Páez y del colombiano Jackson Martínez, por el cuadro azteca.

La vuelta se jugó en Barranquilla y terminó 3-3, resultado que le dio la clasificación a Jaguares por el gol visitante. Por Junior marcaron Juan David Valencia, Luis Páez y Carlos Bacca. Por Jaguares, Jackson Martínez marcó doblete y el 3-3 definitivo lo anotó Édgar Andrade, con un remate desde fuera del área a pocos minutos del final.

En dicho partido pasó de todo, como la fuerte discusión del técnico de Jaguares, Guadalupe Cruz, con el portero Jorge Villalpando, quien lo increpó por sustituirlo tras cometer un error en el tercer gol del Junior al dejarle la pelota servida a Bacca. El guardameta también se había equivocado en el primero, marcado por Juan David Valencia.

Villalpando, reemplazado por Fabián Villaseñor, intentó agredir a Cruz cuando se acercó al banco técnico, pero esto fue evitado por sus compañeros.

Después de esto, César Fawcett y Jackson Martínez fueron expulsados por agresión mutua y en medio de la gresca entre jugadores de ambos equipos un hincha de Junior ingresó a la cancha y fue agredido por varios integrantes del club mexicano.

Participaciones posteriores 

En 2012, Junior quedó eliminado en un grupo que compartió con Unión Española, Universidad Católica (ambos de Chile) y Bolívar de La Paz. El equipo dirigido en ese entonces por José ‘Cheché’ Hernández sumó 7 puntos y terminó en tercer lugar.

En 2017, con la dirección técnica de Alberto Gamero, Junior no pudo llegar a la fase de grupos. El equipo barranquillero superó en la Fase 1 al Carabobo, pero en la Fase 2 fue eliminado por Atlético Tucumán (le ganó 1-0 en la ida y perdió 3-1 en la vuelta).

En 2018, con Alexis Mendoza como técnico, Junior superó dos fases previas ante los paraguayos Olimpia y Guaraní y entró a la fase de grupos con Palmeiras, Boca Juniors y Alianza Lima. En la última fecha, el cuadro tiburón sólo tenía que ganarle a Boca, en Barranquilla, para avanzar a octavos de final, pero no pasó del empate a un gol. Palmeiras y Boca pasaron y Junior quedó tercero, lo que le dio derecho a jugar la Copa Sudamericana.

En 2019, Junior realizó una de sus peores campañas en una Copa Libertadores al perder cinco de los seis partidos que disputó contra Palmeiras, San Lorenzo y Melgar de Arequipa. El equipo comenzó con la conducción de Luis Fernando Suárez y en el último partido, con Julio Comesaña en el banco técnico, tenía que ganarle a Melgar, en Barranquilla, para avanzar a la Copa Sudamericana, pero perdió 1-0.

En 2020, con Comesaña en la dirección técnica, Junior compartió grupo con Flamengo, Independiente del Valle y Barcelona de Guayaquil. El equipo rojiblanco sumó 6 puntos y terminó tercero, lo que le dio el tiquete a la Copa Sudamericana. Sus únicas victorias fueron 2-1 sobre Barcelona, en Guayaquil, y 4-1 sobre Independiente del Valle, en Barranquilla.

En 2021, Junior ingresó a la fase de grupos tras eliminar en rondas previas al Caracas y al Bolívar de La Paz. En su grupo tuvo como rivales a Santa Fe, River Plate y Fluminense. El equipo tiburón, al mando de Luis Amaranto Perea, cosechó 7 puntos y terminó tercero detrás de Fluminense y River y obtuvo el cupo a la Copa Sudamericana.

El próximo 3 de abril, contra Botafogo, en Río de Janeiro, Junior iniciará su décima octava participación en la Copa Libertadores, donde lo más lejos que ha llegado ha sido a semifinales (1994). Una vez avanzó hasta cuartos (1996) y cuatro veces llegó hasta octavos (2000, 2001, 2005 y 2011).