El Junior de Barranquilla enfrentará en Copa Libertadores 2020 a los clubes Flamengo de Brasil, Independiente de Valle de Ecuador y G1 (por definir). 

Así quedó definido durante el sorteo del certamen realizado esta noche en el Centro de Convenciones de la Conmebol en Luque (Paraguay).

El torneo tendrá dos fases previas, con las siguientes confrontaciones: 

- E1: Bolivia 4 vs Guaraní (Paraguay).

-E2: Carabobo (Venezuela) vs Universitario (Perú).

- E3: Progreso (uruguay) vs Barcelona (Ecuador).

La fase II se disputará de la siguiente forma:

- E2 vs Cerro Porteño (Paraguay).

- Cerro Largo (Uruguay) vs Palestino (Chile).

- Deportivo Independiente Medellín vs Deportivo Táchira (Venezuela).

- Macará (Ecuador) vs Deportes Tolima.

- Chile 4 vs Internacional (Brasil).

- Bolivia 3 vs Atlético Tucumán (Argentina).

- E1 vs Corinthians (Brasil).

- E3 vs Sporting Cristal (Perú).

Y la fase de grupos quedó conformada de la siguiente manera:

Previamente, la Conmebol realizó el sorteo de la Copa Sudamericana y a los equipos colombianos les correspondieron los siguientes rivales:

- Atlético Nacional vs Huracán (Argentina).

- Millonarios vs Bolivia 3 (por definir).

- Deportivo Cali vs River Plate (Paraguay), equipo debutante en el torneo.

- Deportivo Pasto vs Huachipato (Chile).